Doua dintre speciile microbiene cel mai frecvent implicate in infectia respiratorie din mucoviscidoza sunt Stafilococul (Stafilococus aureus) si bacilul Piocianic (Pseudomonas aeruginosa).

   Stafilococul auriu
   Poate fi prezent in procent de 10% la persoane sanatoase in mucoasa nazala sau pe tegumente. La bolnavii cu mucoviscidoza constituie un important patogen, frecventa cea mai mare fiind in perioada copilariei. Asocierea particulara a infectiei cu stafilococ cu mucoviscidoza se leaga de o serie de factori locali (continutul crescut in electroliti al secretiilor bronsice, compozitia modificata a lipidelor in sputa) si de structura a bacteriei (proteinaza A, o enzima produsa de tulpina microbiana care distruge factorii locali de aparare de la nivelul bronhiilor). Mecanismele propriuzise prin care se produce si se mentine infectia nu sunt inca pe deplin elucidate.

   Bacilul piocianic (pseudomonas aeruginosa)
   Reprezinta infectia caracteristica a bolnavului cu mucoviscidoza, avind cel mai inalt grad de cronicizare. Incidenta infectiei (cazurile noi infectate) creste o data cu virsta. Aici trebuie sa subliniem ca un tratament corect, in care fizioterapia sa fie pivotul, poate intirzia sau chiar impiedica infectia cu piocianic, iar daca aceasta s-a produs, poate intirzia aparitia complicatiilor. Important de stiut este de asemenea ca bolnavii cu mucoviscidoza nu transmit infectia persoanelor sanatoase. In schimb, prin contactul intre bolnavi se poate produce cros-infectia.
   Spre deosebire de stafilococ, in cazul piocianicului datele din literatura sint mai clare vis a vis de modalitatea in care se produce si se mentine infectia la nivelul arborelui bronsic. Unul dintre factorii importanti care intervin este alginatul. Acesta este o proteina secretata de tulpinile asa numite mucoide de piocianic. Tulpinile mucoide sunt caracteristice pentru infectia din mucovisidoza. Alginatul formeaza o bariera de protectie in jurul bacteriei si are doua efecte importante: pe de o parte formeaza macrocolonii de piocianic, care nu pot fi distruse de neutrofile (leucocite care actioneaza local, la nivelul epiteliului bronsic), iar pe de alta parte nu permite penetrarea antibioticului. Peristenta infectiei conduce la o serie de modificari locale inflamatorii, cu distrugeri tisulare (adica ale epiteliului bronsic). In final se ajunge la un cerc vicios autointretinut, consecinta fiind alterarea structurii bronsiilor si aparitia bronsiectaziilor, adica a dilatatiilor permanente, ireversibile. Deci, iata inca un argument asupra importantei profilaxiei (prevenirii) infectiei cu acest microb.